Кшиштоф Мейер учился в Краковской Высшей школе музыки у Станислава Веховича и Кшиштофа Пендерецкого в 1962—1965 гг., позднее в Париже у Нади Буланже, также учился у Витольда Лютославского. В 1967—1968 гг. был пианистом ансамбля современной музыки MW2. В 1965—1987 преподавал музыкально-теоретические предметы в Краковской Высшей школе музыки, в 1989—2008 гг. профессор композиции в Кёльнской высшей школе музыки. В 1985—1989 гг. возглавлял Союз композиторов Польши. В данное время преподаёт композицию в университетах Кракова и Познани.В 2012 году композитор награжден общественной медалью «За вклад в развитие музыкального искусства».